1. Nâng cấp chức năng kê khai tờ khai 05/QTT-TNCN trên ứng dụng HTKK, iHTKK đáp ứng yêu cầu nghiệp vụ quyết toán thuế TNCN năm 2016, cụ thể:
Hỗ trợ tự động tổng hợp thông tin từ phụ lục 05-1/BK-QTT-TNCN lên các chỉ tiêu Tổng thu nhập chịu thuế (TNCT) trả cho cá nhân (đối với cá nhân cư trú) [29], Tổng TNCT trả cho cá nhân thuộc diện phải khấu trừ thuế (đối với cá nhân cư trú) [32], Tổng số thuế thu nhập cá nhân (TNCN) đã khấu trừ (đối với cá nhân cư trú) [35], Tổng số thuế được giảm do làm việc tại khu kinh tế (đối với cá nhân cư trú) [38], Tổng TNCT từ tiền phí mua bảo hiểm nhân thọ, bảo hiểm không bắt buộc khác của doanh nghiệp bảo hiểm không thành lập tại Việt Nam cho người lao động [40], Tổng số thuế TNCN đã khấu trừ trên tiền phí mua bảo hiểm nhân thọ, bảo hiểm không bắt buộc khác của doanh nghiệp bảo hiểm không thành lập tại Việt Nam cho người lao động [41] trên tờ khai 05/QTT-TNCN, cho phép sửa.
Đối với tổ chức thuộc diện quyết toán, ủy quyền quyết toán thuộc trường hợp tổ chức trả thu nhập thực hiện việc tổ chức lại doanh nghiệp (chia, tách, hợp nhất, sáp nhập, chuyển đổi) và người lao động được điều chuyển từ tổ chức cũ đến tổ chức mới (tổ chức được hình thành sau khi tổ chức lại doanh nghiệp), tổ chức thực hiện xác định lại giá trị chỉ tiêu [29], [32], [35], [38], [40], [41] trên tờ khai 05/QTT-TNCN đảm bảo số liệu tương ứng với thu nhập từ tiền lương tiền công được chi trả tại đơn vị, không bao gồm số liệu tại các đơn vị khác của người lao động được điều chuyển.
2. Nâng cấp chức năng kê khai tờ khai và quyết toán thuế tài nguyên dành cho cơ sở sản xuất thủy điện mẫu 03/TĐ-TAIN, 03A/TĐ-TAIN trên ứng dụng HTKK, iHTKK đáp ứng yêu cầu thay đổi thuế suất đối với loại tài nguyên nước thiên nhiên dùng cho sản xuất thủy điện) theo Thông tư số 12/2016/TT-BTC ngày 20/1/2016 của Bộ Tài chính về việc sửa đổi, bổ sung khoản 1 điều 7, Thông tư số 152/2015/TT-BTC ngày 02/10/2015 hướng dẫn về thuế tài nguyên (hiệu lực từ ngày 01/7/2016): Hỗ trợ tính chỉ tiêu [27] - Thuế tài nguyên phát sinh trong kỳ theo công thức tính và cho phép sửa.
3. Nâng cấp danh mục địa bàn hành chính trên Phụ lục Bảng kê thông tin người phụ thuộc giảm trừ gia cảnh theo mẫu 05-3/QTT-TNCN đính kèm tờ khai 05/QTT-TNCN (áp dụng từ kỳ tính thuế năm 2015), Phụ lục Bảng kê thông tin người phụ thuộc giảm trừ gia cảnh theo mẫu 05-3/BK-TNCN đính kèm tờ khai 05/KK-TNCN (áp dụng cho các kỳ tính thuế trước năm 2015), Bảng tổng hợp đăng ký người phụ thuộc giảm trừ gia cảnh trên ứng dụng HTKK:
Đổi tên "Thị xã Cẩm Phả" thành "Thành phố Cẩm Phả" thuộc tỉnh Quảng Ninh.
Đổi tên "Thị xã Lai Châu" thành "Thành phố Lai Châu" thuộc tỉnh Lai Châu.
Đổi tên "Thị xã Đông Hà" thành "Thành phố Đông Hà" thuộc tỉnh Quảng Trị.
Đổi tên "Huyện Sông Cầu" thành "Thị xã Sông Cầu" thuộc tỉnh Phú Yên.
Đổi tên "Thị xã Tây Ninh" thành "Thành phố Tây Ninh" thuộc tỉnh Tây Ninh.
Đổi tên "Thị xã Châu Đốc" thành "Thành phố Châu Đốc" thuộc tỉnh An Giang.
Đổi tên "Thị trấn Đại Từ" thành "Thị trấn Hùng Sơn" thuộc huyện Đại Từ - tỉnh Thái Nguyên.
Đổi tên "Huyện Mỹ Văn" thành "Huyện Mỹ Hào" thuộc tỉnh Hưng Yên.
Thêm mới các xã Quảng Châu, Quảng Đại, Quảng Hùng, Quảng Minh, Quảng Thọ, Quảng Vinh thuộc Thị xã Sầm Sơn - tỉnh Thanh Hóa.