PHYLIP hỗ trợ các phương pháp bao gồm phân tích, ma trận khoảng cách và phương pháp xác suất, trong đó có bootstrapp và consensus. PHYLIP có khả năng xử lý nhiều loại dữ liệu chẳng hạn như chuỗi phân tử, tần số gen, vị trí giới hạn và các đoạn, ma trận khoảng cách và các ký tự rời rạc.
Hiện có nhiều phần mềm hỗ trợ học tập về môn sinh học, chẳng hạn như Gene Runner với khả năng phân tích chuỗi DNA và RNA trong cấu trúc gene hiệu quả, Gene Runner cho phép bạn đặt kích cỡ tùy chọn cho các chất Nucleotide hoặc acid Amino, hay chọn chế độ xử lý "Translation Table".
PHYLIP được điều khiển thông qua một menu, hỏi người dùng các tùy chọn muốn cài đặt và cho phép bắt đầu tính toán. Dữ liệu được đọc vào chương trình từ một file text, bạn có thể lập file này bằng trình soạn thảo văn bản hoặc xử lý word, quan trọng là không được lưu ở định dạng đặc biệt của trình xử lý đó.
Ngoài ra bạn có thể tham khảo công cụ GeneDoc giúp đỡ học sinh sinh viên hay các nhà nghiên cứu trong việc phân tích chuỗi DNA, cấu trúc protein của tế bào, GeneDoc kết xuất chuỗi sang nhiều định dạng và lập ra các báo cáo chi tiết.
Những tính năng chính của ứng dụng PHYLIP:
- Gói chương trình dành cho suy luận cây phát sinh loài
- Hỗ trợ các phương pháp phân tích, ma trận khoảng cách và phương pháp xác suất
- Có khả năng xử lý nhiều loại dữ liệu
- Đọc dữ liệu trên file text từ chương trình khác